Проблема не то, чтобы достаточно распространенная. Но когда на нее натыкаешься, сначала приходится поломать голову, поискать в сети.. и можно не найти решения проблемы.
Суть в том, что если у Вас на сайте есть флэш, а рядом/над ним есть выпадающее меню или, например, какой-либо эффект на JavaScript, то flash будете перекрывать его, находиться поверх.
Чтобы сразу не кидаться в крайности и отказываться от флэш, идеи с меню или скрипта, предлагаю решению проблемы. Для flash добавляем следующие параметры
<param name="wmode" value="transparent">
А в embed добавляем
wmode="transparent"
Пример.
1 .Код до решения проблемы
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="125" height="125">
<param name="movie" value="images/filename.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<embed src="images/filename.swf" quality="high"
pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"
type="application/x-shockwave-flash" width="125" height="125">
</embed>
</object>
2. Код после решения проблемы
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="125" height="125">
<param name="movie" value="images/filename.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="images/filename.swf" wmode="transparent"
quality="high"
pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"
type="application/x-shockwave-flash" width="125" height="125">
</embed>
</object>
Больше ничего не потребуется.